元来は松尾山に残る磐座での祭祀に始まるとされ、701年に文武天皇の勅命を賜わった秦忌寸都理（はたのいみきとり）が勧請して社殿を設けたといわれる。 その後も秦氏（はたうじ）により氏神として奉斎され、平安京遷都後は東の賀茂神社（賀茂別雷神社・賀茂御祖神社）とともに「東の厳神、西の猛霊」と並び称され西の王城鎮護社に位置づけられた。 中世以降は酒の神としても信仰され、現在においても醸造家からの信仰の篤い神社である

松尾大社では３年前から夏の時期には、神様を慰め、訪れる方々の罪穢れを払うため、境内中に風鈴が飾られます。